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Compte-rendu de l'atelier domestication

Atelier : Histoire démographique, adaptative, centres d’origine et structure des populations des espèces cultivées/domestiquées

Lieu : Agropolis International
Date : 13 avril 2011
Organisateurs: Amandine Cornille, Jean-Louis Pham, Laure Benoit, Patrick Samper

L'atelier a regroupé une trentaine de jeunes chercheurs qui travaillent sur l’histoire évolutive des espèces domestiquées/cultivées et utilisent des approches de génétique des populations. Le but était de diffuser et confronter les résultats obtenus chez plusieurs modèles d’études ainsi que de discuter des problèmes rencontrés lors des analyses et de partager des expériences sous le regard éclairé de quelques chercheurs séniors et post-doctorants.

En introduction, Jean-Louis Pham, directeur du projet ARCAD, a souhaité la bienvenue aux participants dans les locaux d’Agropolis International et rappelé l’intérêt de la thématique "Domestication" pour le projet ARCAD, qui a conduit ce dernier à contribuer à l’organisation de l’atelier.

Durant la journée, un grand nombre de modèles biologiques ont été présentés : vigne sauvage (Vitis vinifera ssp. sylvestris ), mil (Pennisetum glaucum ), pommier (Malus domestica ), sorgho repiqué (Sorghum bicolor), amandier cultivé (Prunus communis), palmier dattier (Phoenix dactylifera), tournesol (Helianthus annus), olivier (Olea europea), patate douce (Ipomoea batatas), igname sauvage (Dioscorea nummularia), riz africain cultivé (Oryza glaberrima). Lors de ces présentations, de nombreux aspects méthodologiques ont été abordés afin de résoudre des questions sur l’histoire évolutive de ces espèces, en utilisant des marqueurs génétiques variés (microsatellites, séquences nucléaires et chloroplastiques) : des analyses de génétique des populations descriptives (indices de diversité, de différenciation génétique) et d’inférences bayésiennes de type Structure (Pritchard 2000) ainsi que quelques analyses préliminaires utilisant IMa (Isolation with Migration models) afin d’inférer des paramètres démographiques. Trois présentations de post-doctorants ont été consacrées aux méthodes Approximate Bayesian Computation permettant de comprendre la démarche méthodologique pour réaliser ces analyses d’inférences de scénarios démographiques. En parallèle, un volet d’ethnobiologie a été abordé permettant de comprendre et de faire un lien entre génétique et pratiques socio-culturelles pour certains modèles.

Cette journée a permis de discuter des analyses réalisées par chaque participant et de s’en inspirer. Cette journée a aussi permis de discuter des résultats issus de nos analyses : il apparait clairement que l’ensemble des processus de domestication semblent à la fois présenter une unité au sein de certains groupes de plantes, par exemple chez les céréales d’une part et chez les arbres d’autre part, mais avec aussi, au sein de ces groupes, une certaine diversité des processus de domestication. La dernière intervention de la journée a justement souligné ce point, en montrant l’intérêt d’une approche comparative intégrant des modèles présentant différentes caractéristiques biologiques et traits d’histoire de vie caractérisant des processus de domestication variés.

A la fin de cette journée il a été suggéré la création d’une liste d'adresse e-mail des participants pour échanger à la fois sur des questions très techniques relatives aux analyses en cours, mais aussi de partager la bibliographie issue de la thématique de l’atelier et celle issue de l’ethnobiologie qui peut s’avérer intéressante pour l’interprétation des résultats de génétique obtenus. Il a d’ailleurs été souligné l’importance des missions de terrain pour que les thésards, puissent se familiariser avec leur modèle et corréler l’écologie et les pratiques culturelles humaines aux données de génétique des populations.