Cocoa pods, Venezuela. Photo: C.Lanaud ©CIRAD
Arabica coffee, Ethiopia. Photo: ©Jean-Pierre Labouisse
Yams in Benin. Photo: J-L Pham ©IRD
Rice harvest, Guinea. Photo: J-L Pham ©IRD
Maize corn. Photo: ©Brigitte Gouesnard

Bioinformatics training course

A training course on polymorphism data analysis has been held at Montpellier SupAgro from 9 to 13 May 2011 for 22 students and researchers involved in the projects Comparative population genomics and Bioinformatics.

We apologize to our English-speaking readers : this web page is written in French, the language in which the training course has been given.

Formation à l'analyse des données de polymorphisme, 9 – 13 Mai 2011, à Montpellier Supagro

Durant cette semaine de formation, nous avons chercher à familiariser les étudiants avec la gestion des données NGS (Next Generation Sequencing) qui sont produites et analysées dans le cadre des deux projets "Comparative population genomics" (SP1) et "Bioinformatics" (SP4) du projet ARCAD. Cette étape est nécessaire à la prise en main des données sur leur espèces par les participants du projet SP1.

Nous avons réuni et mobilisé pour cette semaine les compétences de chercheurs et d'enseignants chercheurs permanents et contractuels impliqués dans ARCAD. La formation en est à sa première édition sous cette forme, liant à la fois la production/gestion des données et leur analyse avec les concepts avancés en génétique des populations et en évolution moléculaire. Notre démarche a été de travailler sur des jeux de données qui évoluent d'un état de séquences brutes, à des statistiques descriptives de diversité utilisées pour modéliser différents scenarios historiques. La plante qui a servi de fil rouge est le riz. Nous avons utilisé la plupart du temps des données produites dans le cadre d'Arcad et les outils d"analyse les plus aboutis que nous avons produits dans le cadre des projets SP4 surtout, et SP1.

La formation s'est faite principalement par des approches pratiques sur ordinateurs, accompagnées de quelques présentations plus théoriques. Au total Il y a eu 22 inscrits.

Les points suivants ont été abordés :
-  Rappels des objectifs de ARCAD SP1
-  Production et acquisition des données NGS
-  Gestion et nettoyage des données brutes (454, Solexa)
-  Assemblage de novo de transcriptomes  et validation
-  Mapping, détection de SNP et assignation des génotypes
-  Annotations simples
-  Gestion des familles de gènes via les outils de phylogénie : identification d’orthologues
-  Théorie de la coalescence et indices de polymorphisme
-  Méthodes ABC : principes et élaboration d’un test de comparaison de scenario de domestication

L'équipe pédagogique :
Jacques David, Sylvain Glémin, Nathalie Chantret, Stéphane De Mita, Alexis De Reeper, Jean-François Dufayard, Benoît Nabholz, François Sabot, Sylvain Santoni, Gautier Sarah, Maryline Summo, Manuel Ruiz

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